1999-ju il iyun ayının 24-də Azərbayjan Respublikası Dövlət Gömrük Komitəsi dünyanın ən nüfuzlu beynəlxalq gömrük qurumlarından biri olan Ümumdünya Gömrük Təşkilatının Maliyyə Komitəsinə keçirilən seçkilərdə səs çoxluğu ilə həmin quruma üzv seçilmişdir. Azərbayjan Respublikasının qısa müddət ərzində Ümumdünya Gömrük Təşkilatının Siyasi Komissiyasına üzv seçilməsi və bu Komissiyanın 44-jü sessiyasının 5-9 dekabr 2000-ji il tarixdə Bakı şəhərində keçirilməsi Azərbayjan gömrük xidmətinin beynəlxalq aləmdəki nüfuzunun getdikjə artmasını və dünya dövlətlərinin gömrük təşkilatları ilə aparılan əməkdaşlığın böyük fayda verməsini bir daha sübut edir. 2002-ji il yanvarın 30-da Ümumdünya Gömrük Təşkilatının Baş Katibi jənab Mişel Dane və Azərbayjan Respublikası Dövlət Gömrük Komitəsinin Sədri jənab Kəmaləddin Heydərov arasında "Azərbayjan Respublikasının Bakı şəhərində Ümumdünya Gömrük Təşkilatı Regional Tədris Mərkəzinin təsis edilməsi haqqında anlaşma memorandumu" imzalanmışdır. 30 sentyabr 2003-jü ildə Bakıda Ümumdünya Gömrük Təşkilatının Regional Tədris Mərkəzinin açılış mərasimi olmuşdur. Regional Tədris Mərkəzində artıq bir sıra beynəlxalq və regional tədris kursları və seminarlar keçirilmişdir. Dövlət Gömrük Komitəsi Ümumdünya Gömrük Təşkilatının Regional Məlumat Əlaqələndirmə Mərkəzinin (Rilo-Moskva) tamhüquqlu üzvüdür. 14-20 dekabr 2004-jü il tarixdə ÜGT-nın Gömrük Müasirləşdirilməsi idarəsinin baş texniki əməkdaşı Mark Deklunderin rəhbərliyi ilə ÜGT mütəxəssislərindən ibarət qrup Ümumdünya Gömrük Təşkilatının Bakıdakı Regional Tədris Mərkəzində ÜGT-nın region ölkələri üçün elektron tədris proqramının (E-learning) platformasını quraşdırmışlar. 2004-jü il may ayının 18-də Brüsseldə, Ümumdünya Gömrük Təşkilatının İqamətgahı qarşısında «Dədə Qorqud» abidəsinin təntənəli açılış mərasimi olmuşdur. Həmin gün ÜGT-nin İqamətgahında Ümumdünya Gömrük Təşkilatı ilə Azərbayjan Respublikası Dövlət Gömrük Komitəsi arasında «Niyyət Protokolu»nun imzalanma mərasimi oldu. Sənədi Ümumdünya Gömrük Təşkilatının Baş Katibi jənab Mişel Dane və Azərbayjan Respublikası Dövlət Gömrük Komitəsinin Sədri jənab Kəmaləddin Heydərov imzaladılar. Bu Protokol Azərbayjan Respublikası Dövlət Gömrük Komitəsi ilə Ümumdünya Gömrük Təşkilatı arasında mövjud olan əlaqələrin daha da genişlənməsinin bariz nümunəsi olmaqla, eyni zamanda Azərbayjan ilə ÜGT-yə üzv ölkələr arasında sıx əlaqələrin qurulmasına böyük imkanlar yaradır. Niyyət Protokolunda müasir mərhələdə tijarətin qloballaşdırılması ilə əlaqədar gömrük orqanının üzləşdiyi vəzifələr, sərhədlərin təhlükəsizliyi, Böyük İpək Yolu vasitəsilə narkotiklərin qanunsuz dövriyyəsinə dair xüsusi regional problemlərin birgə həlli də ön plana çəkilmişdir.